El Patronato es el órgano supremo de la Fundación, responsable de su gobierno, administración y representación y estará integrado por un mínimo de 25 miembros y un máximo de 35. El acto de constitución de San Millán refrendó a 29 de ellos, entre los que se encuentran los representantes de las diversas comunidades autónomas, que pasarán por este organismo de manera rotativa anualmente. La escritura fundacional explicita los patronos que lo son «ex oficio», los que son «no vinculados puesto» y quienes lo son «a título personal». En caso de que se produzca alguna vacante entre estos últimos, sus puestos serán cubiertos por las personas que designen a tal efecto los restantes patronos.

El Consejo Rector es el órgano de gestión ordinaria de la Fundación y de ejecución de las decisiones del Patronato. Su presidente, vicepresidentes y secretario serán los mismos que los del Patronato; los restantes miembros del Consejo Rector serán patronos designados por el Patronato, ejercerán su cargo por un período de seis años y podrán ser reelegidos una o varias veces.

Su Majestad el Rey Don Felipe VI es el Presidente de Honor de la Fundación desde su creación.

El Patronato es el órgano supremo de la Fundación, responsable de su gobierno, administración y representación. Está integrado por los representantes de las más altas entidades culturales y sociales:

  • El presidente del Gobierno de La Rioja.
  • Los ministros del Gobierno de España competentes en materia de Educación y Cultura, así como el director general de Bellas Artes.
  • Los consejeros del Gobierno de La Rioja competentes en materia de Educación, Cultura, Medio Ambiente, Obras Públicas, Urbanismo y Turismo.
  • El director general de la UNESCO.
  • El director de la Real Academia Española.
  • El director de la Real Academia de la Historia.
  • El secretario de la Asociación de Reales Academias de la Lengua Española.
  • El director de la Real Academia de Bellas Artes.
  • El director general de Cultura del Gobierno de La Rioja.
  • El director del Instituto Cervantes.
  • El rector de la Universidad de La Rioja.
  • El prior del Monasterio de Yuso de San Millán de la Cogolla.
  • El alcalde de San Millán de la Cogolla.
  • El presidente del C.N.E. de ICOMOS.
  • Un representante de la Comunidad Sefardí.
  • El director del Instituto de Estudios Riojanos.
  • El presidente de la Asociación de Amigos de San Millán.

Además, a título personal son patronas D.ª Carmen Iglesias, de las Reales Academias de la Lengua y de la Historia y D.ª Esther Koplowitz, consejera delegada de FCC.

Los estatutos de la Fundación regulan diversas categorías:

  • Las personas o instituciones que otorguen la carta fundacional o que se adhieran a ella con anterioridad a su inscripción: miembros fundadores.
  • Las personas o instituciones en quienes concurran especiales circunstancias de dedicación al Bien declarado Patrimonio de la Humanidad y cuya admisión sea aprobada con esta calificación por el Patronato: miembros de honor.
  • Las personas o instituciones que económicamente se comprometan a colaborar con la Fundación: miembros benefactores.
  • Las personas que, de alguna manera, se comprometan a colaborar periódicamente con la Institución: miembros colaboradores.

Todas las personas, tanto físicas como jurídicas, españolas y extranjeras, podrán ser miembros de la Fundación.

Miembros fundadores

Entidades que constituyeron, con fecha 8 de octubre de 1998, la Fundación San Millán de la Cogolla:

  • Gobierno de La Rioja.
  • Fundación Cajarioja.
  • Ibercaja Obra Social y Cultural.
Miembros de Honor

En la reunión del Patronato celebrada el 8 de octubre de 1999 se acordó nombrar Miembros de Honor de la Fundación a los siguientes:

  • D. Claudio García Turza.
  • D. Javier García Turza.
  • Los directores o presidentes de todas las Academias de la Lengua.
Miembros benefactores

Ninguna de las actividades realizadas por la Fundación hubiera sido posible sin el soporte de medios económicos que han acudido a proporcionarle, por una parte, sus Miembros Fundadores (el Gobierno de La Rioja, la Fundación Cajarioja e Ibercaja Obra Social y Cultural) y, por otra, una importante representación no sólo del empresariado riojano, sino también de empresas de ámbito nacional.

Hasta la fecha han sido los siguientes:

  • Alcampo, S.A.
  • Alpargatas Viguera, S.L.
  • Asa Puertas y Ventanas, S.L.
  • Asociación Riojana de la Empresa Familiar.
  • Autopista Vasco Aragonesa, C.E.S.A.U.
  • Barpimo, S.A.
  • Bodegas Age, S.A.
  • Bodegas Campo Viejo, S.A.
  • Bodegas Dinastía Vivanco, S.A.
  • Bodegas Viña Ijalba, S.A.
  • BTR Sealing Systems Group.
  • Caja Círculo.
  • Caja Laboral.
  • Caja Rural del Jalón.
  • Calzados Fal, S.A.
  • Cámara de Comercio e Industria de La Rioja.
  • Cauchos Ruíz Alejos, S.A.
  • Cerabrick Grupo Cerámico, S.A.
  • Comercial Oja, S.L.
  • Compañía Logística de Hidrocarburos CLH, S.A.
  • Consejo Regulador D.O.Ca. Rioja.
  • Constructora de Obras Municipales, S.A.
  • Diario La Rioja.
  • Escala Papelería Técnica.
  • Ferrovial.
  • Firsa II-Inversiones Riojanas, S.A.
  • Fluchos, S.L.
  • Fomento de Construcciones y Contratas, S.A.
  • Fundación ACS.
  • Fundación Altadis.
  • Fundación Caja Madrid.
  • Fundación Dinastía Vivanco.
  • Fundación Endesa.
  • Fundación Iberdrola.
  • Fundación Mutua Madrileña.
  • Fundación Telefónica.
  • Gas Rioja.
  • Grupo Hergar.
  • Grupo Nerisa.
  • Hotel Echaurren.
  • Iberdrola, S.A.
  • Ismael Andrés, S.A.
  • José Martín, S.A.
  • La Caixa.
  • Las Gaunas.
  • Luis Martínez Benito, S.A.
  • Mavyal, S.L.
  • Mecanizaciones Aeronaúticas, S.A.
  • Ortiz Construcciones y Proyectos, S.A.
  • Palacios Alimentación, S.A.
  • Programación y Abastecimiento de Obras.
  • Reterioja, S.A.
  • Rivercap, S.A.
  • Saglei, S.L.
  • Tobepal, S.A.
  • Tonelería Victoria, S.A.
  • Usaya, S.L.
  • Vigas Mazo.
  • Zeplas.